カタロンの残存兵を脱出させるために敢えて艦体をさらし、アロウズとの洋上の決戦に臨んだプトレマイオス2。だが、ソーマの乗るアヘッド脳量子波対応型を含むジニン小隊や、ブシドーのアヘッド近接戦闘型の猛攻により、艦は苦境に立たされる。スメラギの復活によりプトレマイオス2は危機的状況を脱するが、アレルヤの搭乗するアリオスが、ソーマのアヘッドと共に行方不明となってしまった――。

	沙慈、引き金を引けず カタロンの人々を救うため、自らプトレマイオス2への協力を名乗り出た沙慈。彼はイアンと共に艦の砲座に付くが、接近するジンクスIIIに対し、引き金を引くことはできなかった。これまで忌み嫌ってきた戦闘に加担することを、彼の心と身体は最後まで拒絶したのである。一方、沙慈がプトレマイオス2に乗艦していることを知る由もないルイスは、アンドレイ・スミルノフと共に一時後退する。

	ダブルオー、アヘッド近接戦闘型と交戦／アロウズ部隊、撤退 プトレマイオス2を防衛するために出撃したダブルオーガンダムは、ブシドーの搭乗するアヘッド近接戦闘型と交戦。トランザムを発動して戦闘を優位に進めるが、ツインドライヴシステムがオーバーヒート。それを見たブシドーは、機体の整備が万全でないダブルオーガンダムを「斬る価値もなし」と断じ、撤退する。一方、意識が回復したスメラギの的確な指揮によって、プトレマイオス2はアロウズ部隊の分断に成功、撤退に追い込んだ。

	ソーマ、マリーの記憶が回復する プトレマイオス2はアロウズ部隊を撤退させることに成功するが、ソーマの搭乗するアヘッド脳量子波対応型とアリオスガンダムが、交戦中にロストしていた。ソーマを発見したアレルヤが、アリオスガンダムでアヘッド脳量子波対応型を捕獲、そのまま地上へと墜落する。地上では、コクピットから降りたソーマに白兵戦を挑まれたアレルヤ。だが、「マリー」と呼びかけ続けるアレルヤの声で彼女に異変が発生し、ついに「マリー」の人格が蘇る。

	マリー、アレルヤの捜索が開始される アリオスガンダムとアレルヤのロストを受けて、プトレマイオス2からはセラヴィーガンダム、ケルディムガンダムが捜索活動を開始。一方、アロウズもルイスとアンドレイを捜索隊として派遣するが、のちに上層部からの命令で、地球連邦の正規軍へと捜索は引き継がれた。その命を受けた正規軍のセルゲイ・スミルノフは、ほかならぬソーマの一大事に自ら出撃する。

	マリーとアレルヤ、その過去を告白する 記憶を取り戻したマリーは、その過去――超兵機関の存続の命運を握る存在として、五感を復元された上、ソーマという人格を植え付けられて「超兵」となったこと――をアレルヤに語る。一方アレルヤも、小型宇宙艇に乗って超人機関を脱走したものの、共に脱走した仲間を“ハレルヤ”で殺め、一人だけ生き残った過去を告白する。ふたりはそうした過去の重責を背負いつつも、再会できた奇跡を喜び、共に生き抜くことを決意したのだった。

	マリナ、アザディスタン王国崩壊を知る アロウズの攻撃から逃げ延びたクラウス・グラードらカタロン残存兵は、別のカタロン基地へと合流する。そこで彼らは、地球連邦が中東諸国の解体と再統合に着手、アザディスタン王国は既に解体されたことを知る。カタロンと共に行動していたアザディスタンの王女、マリナ・イスマイールは、その報に大きなショックを受けるのだった。

	セルゲイ、マリーとアレルヤを見逃す ソーマの捜索を行なっていたセルゲイは、テントで過ごすソーマとアレルヤを発見する。銃を突きつけ、アレルヤにソーマの身柄を返還を迫ったセルゲイだが、アレルヤ、そして当のソーマもその要求を拒絶する。ソーマの発言や口ぶりに異変を感じたセルゲイは、自身は「マリー」だと語る彼女の意見を信じ、ソーマを戦死したことにしてふたりを見逃す。最後に彼は、アレルヤと幸せに暮らすようマリーに言い残し、その場を立ち去った。

	ロックオン、マリーとアレルヤを発見する ケルディムガンダムでアレルヤの行方を捜していたロックオンは、正規軍のジンクスⅢを発見する。だがジンクスⅢは戦う姿勢を見せないばかりか、光通信でキュリオスとアヘッドの居場所を伝える。ロックオンはそれを不審に感じながらもジンクスⅢを見逃し、送られたデータを頼りにアレルヤを発見する。彼は安堵の表情を浮かべると同時に、アレルヤが女性と抱き合う姿を見て苦笑するのだった。

【語られたアレルヤの過去】
マリーとの対話の中で、ソレスタルビーイング入隊以前のアレルヤの過去が明らかにされた。彼は超人機関を仲間たちと共に脱出したものの、奪取した宇宙船の食糧や空気が底をつきかけると、生き残るためアレルヤのもうひとつの人格“ハレルヤ”で、一人残らず仲間を殺害してしまう。その後、何とか生き延びたアレルヤは、自らのような存在を二度と生み出さない世界を創造するため、ソレスタルビーイングに参加を決意したのだった。さらに彼は、かつて脳量子波によって通じ合い、4年前の最終決戦で遭遇した「マリー」の奪還という、もうひとつの戦う理由を手にしていた。その願いが叶えられた今、アレルヤは彼女を守ることを新たな戦いの理由としたのだった。