ストーリーは連邦軍による占領直後の宇宙基地「ソロモン」から始まります。プレイヤーは「ソロモン」にやって来た博士の指示により特別編成されたガンダムのパワーアップチームとして参加。しかし、いきなり「ソロモン」が襲撃される！謎の敵のメカ（赤い彗星のシャアか？！）が迫り来るなか、いち早くガンダムのデータを集めてパワーアップさせよ！そして、見事ミッションをクリアしたプレイヤーたちを待ち受ける次なるステージとは・・・？