C.E.70 2月14日に起きた「血のバレンタイン」事件を機に、地球連合(ナチュラル)とプラント(コーディネイター)の対立は激化。
ザフト、地球連合軍は双方ともモビルスーツを投入し、中立国のオーブを巻き込みながら、壮大な殲滅戦へと発展していく。その中で、コーディネイターながら地球連合軍の新鋭艦アークエンジェルに乗り込むことになったキラ・ヤマトは、幼馴染であるアスラン・ザラと敵として再会する。そのふたりの出逢いが、世界の運命を変えていくものとなる。
「血のバレンタイン」事件に端を発し、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦で終結を見たC.E.70~C.E.72の戦乱は、「第1次連合・プラント大戦」と呼ばれる。ナチュラルとコーディネイターの軋轢が極限まで高まり、双方がモビルスーツをはじめとする新戦力や、「サイクロプス」、「グングニール」、「ジェネシス」といった大量破壊兵器を次々と投入。一時は、どちらか一方が完全に殲滅するまで続けられる最悪の事態も想定された。だが、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦を前にして、地球連合軍から離脱したアークエンジェル、中立国オーブのクサナギ、ザフトから離脱したエターナルの3隻を中心とする部隊が、停戦に向けて共闘する。キラが搭乗するフリーダム、アスランが搭乗するジャスティスといった最新鋭機を有した彼らは、地球連合軍、ザフトの暴走を身を挺して食い止め、戦乱を終結に導いた。その後、両勢力は軍縮条約であるユニウス条約を締結し、再度の軍事衝突を回避する道筋を立てている。
「血のバレンタイン」事件を機に、国際連合を母体として創設された組織。大半がナチュラルで構成されている。
地球連合軍も合わせて組織され、物量差ではザフトを圧倒しているものの、モビルスーツの開発では後塵を拝した。地球連合軍の内部組織で、中心的存在の大西洋連邦は、オーブとモビルスーツの開発を密かに進めていた。
宇宙拠点「プラント」で暮らすコーディネイターで組織された政治機関で、プラント12市から代表議員が参加。地球連合とは対立しており、自治権獲得を悲願としている。C.E.71当初は穏健派のシーゲル・クラインが、のちに対地球連合軍強硬派のパトリック・ザラが議長を務めた。プラントが創設した軍事組織がザフトであり、優秀な者には赤服が贈られた。
南大西洋に存在する国家組織で、代表首長はウズミ・ナラ・アスハ。中立の理念を持ち、ナチュラル、コーディネイター双方を受け入れている。技術立国として知られ、半公営企業のモルゲンレーテ社は、モビルスーツの開発にも取り組んでいた。C.E.71、資源コロニー「ヘリオポリス」をザフトに急襲され、大西洋連邦とのMS共同開発が白日の下にさらされた。
地球連合軍が開発していたG兵器を強奪するべく、オーブの資源コロニー「ヘリオポリス」をザフトが襲撃、崩壊に導いた事件。5機のG兵器のうち、ストライク以外の4機がザフトに奪取された。残るストライクはキラが搭乗し、そのままアークエンジェルの戦力となった。
ザフトによる地上制圧作戦。地球連合軍最高司令部があるアラスカJOSH-A基地の陥落を目論むが、その情報はザフトのラウ・ル・クルーゼから地球連合軍側にリークされていた。結果、地球連合軍上層部はJOSH-Aの大量破壊兵器「サイクロプス」を起動し、多くの友軍もろともザフト部隊の8割を消滅させた。
地球連合軍がオーブへ行った侵攻作戦。後期GAT-Xシリーズに投入された地球連合軍に対し、オーブもM1アストレイを中心に防衛を図るが、翌日にオーブは陥落。オーブの前代表ウズミ・ナラ・アスハは、娘カガリと一部戦力を宇宙に逃がすと、マスドライバーと軍事施設を爆破して自決した。
地球連合軍が、プラントの宇宙要塞「ボアズ」に核攻撃を行った戦闘。地球連合軍はカラミティなど後期GAT-Xシリーズや105ダガーを投入したのち、ピースメーカー隊が核を打ち込むとボアズは壊滅。ザフトはこれに対する報復処置として、大量破壊兵器ジェネシスを発射するに至った。
プラント本国を守る最終防衛ライン「ヤキン・ドゥーエ宙域」で行われた最終決戦。地球連合軍による核攻撃や、プラントによるジェネシス発動など、大量破壊兵器を使った殲滅戦となったが、アークエンジェルら独立部隊の介入により最悪の事態は免れ、停戦に至っている。
C.E.70.02.14、プラントの農業コロニー「ユニウスセブン」に、地球連合軍が核攻撃を行った事件。この事件での死者は24万人を超えている。
プラント側は報復として、「オペレーション・ウロボロス」など大規模な攻撃を行い、その後の戦乱の大きなきっかけになっている。
遺伝子操作を経て生まれた生命体。身体や知能をあらかじめ調整・強化された種であり、遺伝子操作を受けていない人々=ナチュラルとの先天的な能力差が新たな軋轢や憎しみを生み出した。一方、コーディネイターは出生率が低下するという問題点もあった。
コーディネイターやナチュラルに問わず発現する能力で、キラやアスラン、ラクス、カガリ、シンらが、極限状態の中で発現したと言われている。この状態では驚異的な戦闘能力を発揮することができ、種が割れたようなイメージが頭の中で生まれるようだ。